Hệ điều hành Junos chủ yếu dựa trên Linux và FreeBSD [9], với Linux chạy như hệ điều hành trực tiếp trên thiết bị phần cứng vật lý (bare metal) và FreeBSD chạy trên máy ảo QEMU. Vì FreeBSD là một dạng HĐH như Unix, người dùng có thể truy cập dòng lệnh shell Unix và thực thi các lệnh Unix thông thường. Junos chạy trên hầu hết hoặc tất cả các hệ thống phần cứng Juniper.[10] Sau khi Juniper mua lại NetScreen, hãng đã tích hợp các chức năng bảo mật ScreenOS vào hệ điều hành mạng Junos của riêng mình.[11]